Управата за јавни приходи тврди дека е даночна тајна и не кажува што превземала против „Македонска железница – Транспорт“ (МЖ), која во екот на бегалската криза во 2015 година за мигрантите ја зголеми цената на билетите од 5 на 25 евра, наплаќаше во евра, дури и кусурот го даваше во евра, без да издава фискални сметки. Во тој краток временски период, МЖ двапати ја зголеми цената само за бегалците, а Народниот правобранител и невладините организации предупредија на дикриминација и профитирање на маката на луѓето кои поминуваа низ државата за да стигнат до европските земји. Тие тогаш побараа Владата да направи финансиска контрола во МЖ.
Над 300 илјади бегалци за 3 месеци минаа низ Македонија во периодот јули-септември, 2015.
Од февруари, 2015 до февруари, 2017 кога си поднесе оставка среде штрајкот на машиновозачите, директор на „Македонска железница“ беше Никола Костов.
Вработените во во „Македонска железница“ годинава двапати прекинаа со работа поради лошата финансиска состојба и неисплатени плати.
Две години подоцна, Даночната управа не кажува дали контролата што ја побараа Омбудсманот и невладините била направена.
„Ве информираме дека секој обврзник кој врши промет на добра и услуги за кои плаќањето се врши во готово има обврска да воведе и користи фискален систем на опрема. Оваа законска обврска се однесува и на посочениот обврзник. УЈП врши контроли во делот на фискализацијата, а ’Македонска железница’ не е изземена од контролите. Податоците поврзани со даночни постапки кои ги води УЈП не се предмет на комуникација со јавноста, односно согласно член 9 од Законот за даночна постапка имаат третман на даночна тајна“, изјавија од Управата.
Цената на секој поединечен билет за бегалците беше за 3,5 пати повисока од редовната цена на билетот, а редовните попусти за деца, семејства и групи не се применуваа. Граѓанските организации предупредија дека со ваквата одлука јавното претпријатие ги повреди уставно гарантираните права на луѓето кои транзитираа низ Македонија, меѓународната Конвенција за статусот на бегалците на ООН од 1951 и нејзиниот придружен протокол од 1967 за статусот на бегалците, ратификувани по пат на сукцесија во 1994 г. од страна на Собранието на РМ.
Тогашниот министер за транспорт и врски Владо Мисајловски во октомври, 2015 изјави дека МЖ ги зголеми цените оти има многу трошоци за превозот на бегалците.
„Станува збор за вонредни возови кои прават дополнителни трошоци за претпријатието за амортизација, ангажман на дополнителни вагони и изнајмени вагони од Словачка. ЈП ‘Македонска железница – Транспорт’ мора да ги покрие овие трошоци кои се големи, кои пак не може да се покријат со редовната цена на билетот. Затоа беше потребно зголемување на цената на билетот за превоз на бегалците“, рече Мисајловски.